Además de la estación de penitencia, y tal como prescribían las Reglas, la hermandad realizaba anualmente una serie de cultos que se fueron modificando a lo largo del siglo. Recordemos que en las Reglas de 1554 las tres fiestas principales eran, además de la dedicada a las Animas, las de la Encarnación, Santa Cruz y Natividad de Nuestra Señora: dos fiestas marianistas y una pasionista. Pero desde la segunda década del siglo adquiere gran importancia la de la Concepción, como vimos, y desde mediados de este la del 2 de Agosto, dedicada específicamente a la Virgen de los Ángeles, que se consolidará como la principal de la hermandad hasta hoy, desplazando a la fiesta de Septiembre a un lugar secundario. Por su parte, el día de la Santa Cruz es sustituido, en la práctica, por la fiesta dedicada al Espíritu Santo el segundo día de Pascua, siendo también de importancia creciente la celebración del Domingo de Ramos.

El ciclo de cultos de la hermandad se compone así de un ciclo largo de Semana Santa, que empieza el 25 de marzo, día de la Encarnación y se continúa el Domingo de Ramos, el Viernes Santo con la estación de penitencia –si hay fondos para la realización de esta– y termina con la fiesta del Espíritu Santo, y de una fiesta central, solemne, el 2 de Agosto, además de las celebraciones de ánimas en Noviembre y los cultos a la Concepción Inmaculada. A los que hay que añadir, aunque en este caso se trate de un acto público, la presencia en la procesión del Corpus, que siempre la hermandad cuidó mucho, ya que en ella reafirmaba su antigüedad y preeminencia simbólica. Por ello el gasto de cera para el acompañamiento era siempre alto.

Para que tengamos una idea de la forma de realización de estos cultos internos en el siglo XVII, seguiremos las anotaciones de los libros de cuentas y de inventarios. En 1641, por ejemplo, para el día de la Encarnación se gastan 12 reales en adornar la capilla y poner las colgaduras, 18 en derechos parroquiales, pagados al cura de San Roque, y otros 18 a los músicos de guitarra, además de estrenarse una casulla de damasquillo bordada, de cuatro varas y media, que costó 398 reales, un alba, de 54 reales, y un misal por el que se pagaron 38. La fiesta del Espíritu Santo debió ser muy brillante, ya que los gastos ascendieron a 599 reales, a los que hay que sumar otros 60 por la música de ministriles y capilla.

La fiesta dedicada a la Inmaculada Concepción este mismo año de 1641 también debió ser solemne y muy cuidada, como lo reflejan los tipos de gastos: se deshollinó la iglesia, por lo que hubo de pagarse 102 maravedises –recordemos que, en esta época, un real tiene 11 o 12 maravedises–, se coloca un guardapolvo ante la puerta, cuyo transporte y colocación cuesta 34, se esparce juncia, que es traida por un hombre cuyo trabajo es pagado con 272 maravedises, se gastan 170 en incienso y pastillas, 357 en luminarias nocturnas, además de los gastos a los músicos y a «los que colgaron la iglesia, que se les dio de comer por 1.020 maravedises», a los clérigos –408 maravedises–, al sacristán –102– y los causados por la visita del Visitador del Arzobispado –272–. También se anotan 136 maravedises por «clavos para ensamblar» y 68 «por una caja de lata para las ostias» .

Muchos domingos y fiestas había misa en la capilla, como lo reflejan los pagos a presbíteros. En 1642 hay varios apuntes en este sentido: «A Juan Moreno se le pagaron 72 reales por los derechos para decir misa en la capilla de la cofradía» y «A Manuel Pérez, presbítero, se le dieron en las dos Pascuas 24 reales por el cuidado que ha tenido de decir misa los domingos y fiestas en la capilla» .

El Domingo de Ramos va adquiriendo también creciente importancia a medida que avanza el siglo. En él se celebra misa solemne con predicación, cuyo estipendio alcanza, en el año 1651, la cantidad de 3 pesos de a 13 reales (33 reales), y trompeta, al que se pagan en ese mismo año 10 reales.

Ya en la segunda mitad de siglo, como fiesta principal de la hermandad se consolida la de la Virgen de los Ángeles, para cuya preparación se realizaba cabildo general el mes anterior, al igual que ocurría antes de la Semana Santa, realizandose mandas y cuestaciones para sufragar los gastos. Cada año, la solemnidad y brillantez de la fiesta crece, como se refleja en el nivel y destino de los gastos. En 1675, por ejemplo, el mayordomo, Domingo Pérez, el 28 de julio, «mandó hacer cabildo como lo tenemos de uso y costumbre para hacer la fiesta de María Santísima de los Ángeles en su día… que no tenía la capilla dineros, que entre todos se juntase…», consiguiendose en el acto 119 reales. Con estas y otras limosnas se pudo celebrar la fiesta, en la que, entre otros gastos, se realizaron los siguientes: 144 reales «de traer la música de la morse», 34 «que costó el predicador», 12 «de vestir Nuestra Señora el día de los Ángeles» –lo que muestra que ya entonces había personas especializadas en vestir de fiesta a las imágenes–, 4 «de los mozos que trajeron el púlpito y lo llevaron, y otras cosas», 5 «de clavos y alfileres», 2 «de dos escobones», 1/2 de un deshollinador y 33 «de la comida de aquel día de Nuestra Señora» .

Tres años más tarde, en 1678, se entregaron al mayordomo por parte de varios hermanos, como resultado de sus cuestaciones, «400 reales para la fiesta de Nuestra Señora, y debe dar cuenta de dicho dinero», gastandose un total de 498 reales y medio, distribuidos, en diversos capítulos: 78 reales por la música, 42 y medio por la asistencia del clero a la misa cantada, 50 por el sermón, 40 de cera, 22 en cohetes, 9 y medio «de panales y bizcochos y encienso», 5 «de nieve para el refresco», 11 y medio «de gastos menudos como son flores, juncia y púlpito», 30 «de la comida el día de Nuestra Señora», 22 y medio «de la lavada de la ropa», 10 de vestir a la Imagen y 6 «de la misa de postre de hoy día de la madre de Dios de los Ángeles, dos de agosto», entre otros. En el año 83 no sólo se mantienen estos capítulos, elevandose el gasto en la mayoría de ellos –sólo en música se invierten ya 148 reales– sino que se acrecienta el destinado a luminarias y otros elementos de regocijo público: los humildes negros costean ya no sólamente los cultos religiosos de su cofradía sino que incluso dan a todos, negros y blancos, la oportunidad de asistir a la parte profana de sus fiestas. Así, la noche de la víspera se encienden hogueras delante de la capilla, en las que se gastan 12 reales, y se pagan otros 112 por la quema de «un gigante y cohetes de cuerda y dos voladores buscapiés». Tras la misa mayor del día de la fiesta, se queman otras tres ruedas de cohetes y en años posteriores, tras los fuegos, actúan chirimías. Asimismo, desde 1696 se pone una vela ante la puerta de la capilla para reservarla del fuerte sol del verano.

La fiesta de Animas es también de gran importancia en el ciclo de cultos de la hermandad, ya que esta tenía como una de sus funciones fundamentales no sólo la de garantizar un contexto digno y religioso para las últimas horas de vida de sus cofrades y para el enterramiento de estos, sino también la de organizar sufragios para que sus almas alcancen pronto el reino de los cielos. Por ello, no sólo se celebra una misa tras la muerte de cada hermano o hermana sino que anualmente, en noviembre –el mes de las ánimas benditas –, son organizadas honras fúnebres cuyo punto central es el hoy llamado «día de los difuntos» y entonces «la Fiesta de las Animas». Los gastos que se realizan van en consonancia con la importancia de la festividad. Para poner el ejemplo de un año, quedemonos con el de 1671. Los gastos totales en la fiesta de ánimas de dicho año ascendieron a 143 reales en los siguientes capítulos: «de misas dicho día de ánimas, 34», «de los derechos de la Iglesia, 48», «de dos libras y media de cera, 27 y medio», «de alquiler de las hachas y quema, 12 y medio», «del coche que llevó al predicador, 6», «de una libra de bizcochos, 6», «de la vigilia, 3 y medio», «de costaleros (cargadores), 2 y medio», «de vino, 2», «de alfileres y tachuelas, uno» .