A finales de ese mismo año, el designado Vicepresidente de la hermandad, señor Lerdo de Tejada, presenta al cabildo un memorial y varias propuestas. En el primero se dibuja una situación de la hermandad que sin duda exagera los problemas de esta. En él se manifestaba «el estado de abatimiento en que esta corporación se encontraba al ingresar dicho señor; y que a pesar de haberse remediado en gran parte los males que inevitablemente hubieran producido su ruina, distaba todavía mucho para llegar al estado de perfección a que era llamada por la providencia esta desgraciada corporación, digna por tantos títulos de su conservación y de gloriosos recuerdos”. También se enumeraban «los hechos más remarcables de nuestra corporación, tanto en su estado de decadencia como en el estado actual, presentando las causas morales y personas que habían contribuido por su negligencia al triste pasado que todos lamentamos, como asimismo llena de elogios a todos los que directa e indirectamente han contribuido al engrandecimiento de la misma» . Y se proponía, finalmente, «para la mejor regularización de la corporación, se promuevan inmediatamente elecciones generales, se nombre una comisión de hacienda y otra para que formulando nuevos estatutos se eleven a la aprobación del gobierno de Su Majestad como está mandado… y de ese modo quedaría asegurada de una vez para siempre la existencia legal de la corporación”. Todo lo cual fue aprobado, así como un voto de gracias al Vicepresidente «por el celo que había mostrado por el aumento de nuestra hermandad”.

                        De bienhechor, Lerdo de Tejada se estaba convirtiendo en protagonista casi único, como se refleja en el tono un tanto ególatra del Memorial anterior, y en punta de lanza de la creciente ocupación de la hermandad por parte de blancos de notable condición social, desplazando de su gobierno a los negros. Ello pareció consumarse el 30 de diciembre de 1857, en cabildo también presidido por él mismo, en el que propone no sólo la elección de los cargos tradicionales sino también el nombramiento de un Vicepresidente, cuatro consiliarios, un Capiller, un Limosnero y tres miembros por cada una de las Comisiones de Hacienda y de Reforma de los Estatutos. Ello no respondía a las Reglas vigentes, como tampoco el que no se restringieran exclusivamente para los morenos los cargos de oficiales, pero así se efectuó. La junta de esta manera formada, de dudosa legalidad estatutaria, quedó compuesta por Don José Lerdo de Tejada como Vicepresidente, Don Francisco Javier de Andrade, Don Manuel Valenzuela y Don José Bermejo como Consiliarios (quedando vacante el puesto de Consiliario cuarto), Don Ramón Rivera y Don Manuel del Castillo como Secretarios, Don Cristóbal León como Prioste, y sólo los negros José Lerdo y Antonio García, el primero como fiscal-mayordomo y capiller, y el segundo como Limosnero. Es decir, seis blancos por sólo dos morenos. Los tres componentes de cada una de las Comisiones eran también, en su totalidad, blancos. Y cuatro meses más tarde se nombra como cuarto Consiliario a Don Francisco Lerdo de Tejada, como Mayordomo al antes designado Secretario, Don Ramón Rivera de Tejada, quedando como único Secretario el que ya lo era desde mucho tiempo atrás, Don Manuel del Castillo, y como Diputados a Don Manuel Merry y Don Joaquín Fernández, todos ellos también blancos.

                         La nueva junta organizó el Septenario de la Cuaresma del año 58, con «pláticas doctrinales», cuyos gastos ascendieron a la muy elevada suma de 1.060 reales, de los cuales las partidas más altas fueron 320 del estipendio del predicador y 385 del consumo de cera, además de pagarse otras partidas varias, incluida la de arrendamiento y porte de un piano y honorarios del pianista. Para el Septenario se restauraron algunos desperfectos de los altares de la Capilla y se colocó una reja en el presbiterio, donación de Doña Felipa Constantini, esposa del segundo comandante del presidio. También se comenzó a tener misas todos los días festivos, a cargo de un capellán.

                        En el cabildo general del 23 de mayo, la asistencia es la mayor de los últimos ochenta años, 26 personas, aunque de ellas solamente 3 eran negros: en los cinco meses tras los nombramientos citados se habían dado de alta, como hermanos «sin más», lo que seguía sin ser estatutariamente adecuado, 24 blancos y un sólo moreno. (Y al año siguiente ingresarían otros 4 blancos). Precisamente la Comisión de Reforma de Estatutos presentó sus trabajos y propuestas, que fueron aprobadas con algunos matices. Esta modificación de Reglas no debió culminar su trámite o no sería aprobada por la autoridad eclesiástica, seguramente a causa de las ambigüedades respecto a la ocupación de cargos. Lo que sí parece probable es que su rechazo o no aprobación definitiva supuso, pocos años más tarde, la recuperación de la hermandad por parte del restringido número de negros todavía existentes en ella. Mientras tanto, «la inmemorial costumbre de dar a los hermanos morenos una comida en la festividad de Nuestra Señora» cambió su carácter tradicional de comida de hermandad para pasar a ser considerada una práctica «de beneficencia”.

                         El día 3 de Agosto de dicho año 58 se recibió de hermano y asistió a la Función de la mañana del tercer día de Jubileo el nuevo Arzobispo, nombrado el año anterior y ya cardenal, Don Manuel Josquín Tarancón y Morón, Gran Cruz de Carlos Tercero y senador vitalicio por haber sido preceptor de la Reina. Dicho día «tomó posesión personalmente del cargo de Hermano Mayor inherente a la Mitra, en los mismos términos que lo han verificado sus predecesores de gloriosa memoria”. Pero no sería hasta pasados dos años cuando Su Eminencia se dignó nombrar a su representante como Teniente de Hermano Mayor en la cofradía, distinción que recayó en el Sr. Don Eusebio Tarancón, Dignidad de Maestrescuela de la Iglesia Catedral. Durante todo ese tiempo, presidieron la hermandad, de facto, en calidad de Vicepresidente, el citado Don José Lerdo de Tejada y luego su hermano Don Francisco.

                        En enero de 1859 tuvo lugar un nuevo cabildo de elecciones, al principio del cual el primero de los citados «rogó encarecidamente a la hermandad que nombrase en su lugar a su señor hermano Don Francisco», ya que «por sus muchas ocupaciones no podía continuar en la Vicepresidencia», lo que se acepta aunque manteniéndole todas las preeminencias. Tanto el nuevo Vicepresidente como los cuatro Consiliarios, el Mayordomo y los dos Censores, además de los Secretarios, eran blancos; sólo el prioste, que es José Lerdo –el antiguo esclavo de Don José Lerdo de Tejada– y cuatro de los once Diputados que ahora se nombran son negros.

                        No obstante la presencia abrumadora de personas blancas «de calidad» en la junta de la hermandad, esta se endeudó muy significativamente, de resultas de los elevados gastos en el Septenario y Fiesta de Agosto. El déficit conjunto de los años 59 y 60 ascendió a 2.800 reales, por lo que en el cabildo preparatorio del Jubileo, el 13 de julio de 1861, se plantearon las graves dificultades económicas existentes para llevarlo a cabo. El Teniente de Hermano Mayor llegó a plantear la posibilidad de que «se viera la corporación en la dura necesidad de suspender estos actos», a pesar de celebrarlos desde mediados del siglo anterior sin interrumpirlos jamás «a pesar de las diversas vicisitudes que la corporación había pasado en todo ese periodo de tiempo y las diversas calamidades que habían afligido a esta ciudad en distintas épocas”. El problema se encara como tradicionalmente, acordándose llevar a cabo cuestaciones públicas –que debía realizar una comisión de morenos «previa licencia de las autoridades» –, recabar limosna de la Real Maestranza y realizar aportaciones voluntarias los miembro de la junta. En el acto, ofrece 300 reales del representante del Arzobispo, 60 el cura de San Roque y del mayordomo, y otras cantidades más pequeñas, y no muy distintas en alcance, algunos de los otros blancos y negros presentes. La notabilidad de la mayoría de los personajes blancos que ocupaban el gobierno de la hermandad no se traducía apenas en aportaciones económicas significativas.

                         Un mes antes, en cabildo de elecciones, fueron nombrados Mayordomo y Prioste dos blancos: Don Ramón Rivera de Tejada y Don Manuel Puerto respectivamente, quedando sólo tres negros como diputados, en total de los diez que ahora se designan. El ambiente dentro de la hermandad no debía ser especialmente apacible, sin duda porque a los morenos no debía gustar nada el casi total monopolio del gobierno de la cofradía por parte de personajes que tanto étnica como socialmente pertenecían a otra categoría social muy distinta a la suya propia. Estas diferencias, y puede que también alguna entre los mismos blancos, hizo que el representante del Arzobispo, al comienzo del cabildo de Julio, llegara a plantear su deseo de «explorar la voluntad de la corporación para que esta manifestase con toda espontaneidad si estaba o no conforme con la presidencia de Su Señoría», es decir, dejaba a la opinión de los cofrades la continuidad de su propia cargo, a pesar de que este era perpetuo. Lo hacía en el contexto de exigir a todos los presentes que para «proceder a remediar todos los males que en la corporación pudiese haber, era de imprescindible necesidad el que todos unánimes y conformes, deponiendo toda animosidad y pasiones personales, se unieran y ayudasen al objeto a que esta corporación se dedica, cual es el de dar culto a Dios Nuestro Señor y la debida reverencia a su Santísima Madre; y que esto no podía llevarse a efecto sin sacrificar cada uno un poco de su amor propio y orgullo personal. Y que poniendo todos sus corazones en las manos de Nuestra Señora María Santísima, trabajando de consuno, pudiera tener efecto el renacimiento de la corporación. Que si esto que proponía no pudiera tener efecto por cualquier motivo, sentiría sobremanera el tener que retirarse de una corporación que le merecía tanta deferencia”. Aunque, como era de esperar, «todos los hermanos concurrentes a este cabildo, de unánime conformidad, ratificaron el nombramiento de Su Señoría para su Teniente de Hermano Mayor, dándole las más expresivas gracias por el celo que se tomaba por el bien de la hermandad», la alusión directa a la «animosidad», a las «pasiones personales», al «amor propio», al «orgullo personal» y a «la necesidad de unión», no dejan lugar a dudas sobre el clima interno que debía haber en la hermandad, aunque este se trasluciera poco en las actas de los cabildos.